Về âm dương, từ phần gốc, thân sen chìm trong nước, trong tối khuất, thuộc âm, phần lá và hoa nở trên mặt nước, khoe hình sắc dưới ánh mặt trời là thuộc dương.
Hoa sen biểu tượng cho nguyên lý nhân quả đồng thời.
" Hoa nở thì sen hiện- hoa rụng thì sen thành"
Hoa sen có 2 phần:
Cánh và nhụy của hoa thì thuộc về Nhân(Hoa)
Gương và Hạt thì thuộc về quả(Sen).
Một đóa sen gồm có cánh nhụy và gương hạt đều thể hiện cùng một lúc gọi là nhân quả đồng thời, nghĩa là Quả không ngoài Nhân và Nhâ không ngoài Quả.
Quả tức là Nhân và Nhân tức là Quả.
Trong Sinh Vật học phần làm 02 loại Hoa: "Hiển hoa khỏa tử-Hiển hoa bí tử"
Sen là loài hoa duy nhất trên hành tinh có Hoa và Quả cùng xuất hiện đồng thời.
"TRONG ĐẦM GÌ ĐẸP BẰNG SEN - LÁ XANH BÔNG TRẮNG LẠI CHEN NHỊ VÀNG
NHỊ VÀNG BÔNG TRẮNG LÁ XANH - GẦN BÙN MÀ CHẲNG HÔI TANH MÙI BÙN"
Bài ca dao trên đã diễn tả hết những phẩm chất cao quý nhất của Hoa sen, Hoa sen là loài hoa có bốn đặc tính vượt trội hơn các loại hoa khác: thứ nhất: ở bùn lầy mà không ô nhiễm; thứ hai: Hoa và quả kết cùng một lúc; thứ ba: Loài ong, bướm không hút lấy hương nhụy; thứ tư: Phụ nữ không dùng hoa sen để trang điểm như giắt trên đầu. Do hoa sen không bị nhiễm bởi bùn nhơ, nên nó được dùng làm biểu trưng cho tánh giác tự nhiên của Phật, tổng quát hơn là biểu trưng cho Phật.
Đạo Phật lấy hoa sen làm Phật đài, là biểu tượng tinh thần về 5 điều cơ bản. 1) Tính vô nhiễm: Sen mọc lên từ chốn tối tăm bùn lầy hôi tanh mà sen không bị vương bẩn.2)Tính thanh lọc: Khi cây sen lớn lên, sinh sôi nẩy nở thì sẽ làm cho dòng nước nơi đó trở nên trong mát. 3) Tính thùy mị của mùi hương: Hương sen tỏa lên một mùi thơm thanh khiết, không quá nồng nàn, ngào ngạt. 4) Tính thuần khiết: bông hoa sen từ khi nở tới lúc tàn không hề bị một loài ong bướm nào tới đậu lấy nhụy.5) Tính kiên nhẫn: Cây sen từ lúc nảy mầm trong bùn đất, ở đáy nước cho tới lúc vươn lên trên mặt nước rồi xòe lá, trổ hoa là cả một quá trình sinh trưởng kiên nhẫn lớn lao. Thêm nữa, hoa sen trong Phật học còn mang nhiều lớp nghĩa khác. Như kiết già, ngồi phỏng theo thế bông sen gọi là Liên hoa tọa. Khi hai tay chắp lại làm lễ phật, phỏng theo hình búp sen thì gọi là Liên hoa hợp chứng.
Trong muôn vàn các loài hoa với bao hương sắc lộng lẫy, quyến rũ và sự thực, nếu chỉ xét theo cái nhìn thông thường thì có không ít loài hoa thơm hơn sen về hương, đẹp hơn sen về sắc. Tuy vậy chỉ duy nhất loài sen mới hội tụ đầy đủ trong mình ý nghĩa triết học - nhân sinh cao quý, là ý nghĩa về âm dương ngũ hành và sức vươn dậy của một ý chí sống mãnh liệt như dân tộc Việt.
Ngoài Phật học, sen còn mang giá trị triết học về âm dương ngũ hành và đây cũng là một cơ sở Phật học dụng nghĩa cho Phật đài - Yên hoa tạng thế giới.
